工程有瑕疵，業主主張應扣款超過工程尾款，承包商還能要求設定抵押權嗎？

可以，而且這件訴訟不用先算清楚到底還欠多少。
​
營造公司承攬廠房工程，第13期工程款1038萬元未付，依民法第513條請求在已完工登記的廠房上設定1038萬元抵押權。
​
業主抗辯二次施工未完成、施工不良、逾期320日，主張返還工程款、減價及違約金合計超過5000萬元，扣掉後根本沒欠工程款。
​
最高法院卻認為民法513條的目的就是讓承攬人迅速取得抵押權順位。此時只須審查承攬契約有效存在，以及契約訂立時已確定、目前未付的約定報酬額。
​
至於瑕疵、減價、違約金、扣抵等爭議，屬於實際到底還欠多少的問題，不是設定抵押權訴訟現在要審的事。
​
業主日後仍可主張債權已消滅，另訴塗銷抵押權，或在執行程序提債務人異議之訴。
​
而且本案最高法院還經各民事庭徵詢統一見解，認為無庸審理扣抵抗辯。
​
先讓承包商取得擔保，不等於法院已認定業主真的欠那麼多錢。
​
最高法院 113 年度台上字第 1418 號民事判決